Медицинский центр «Геномед»
Бесплатная горячая линия:
8-800-333-45-38
Заказать обратный звонок
Медико-генетический центр
лаборатория молекулярной патологии
Все контакты

Онкоскан

Опухоль - это генетическое заболевание, причиной которого является повреждение хромосом клетки. При этом некоторые участки хромосом, которые несут антионкогены или гены супрессоры исчезают, а другие участки, которые несут онкогены вызывающие опухоль наоборот появляются в большем количестве.

Такое явление называется хромотрипсис и оно присутствует в большинстве опухолей человека. Понимание структурных хромосомных изменений в опухоли дает прогноз развития заболевания является ключом к продбору правильного лечения для многих опухолей.

Тест Онкоскан показывает даже мелкие структурные нарушения в хромосомах клетки. При этом исследуются все хромосомы и гены, связанные с развитием опухоли.

Почему в анализе солидных опухолей важную роль играет полногеномное определение числа копий?

  • Значимость изменния числа копий (делеций и амплификаций) установлена для большого числа онкогенов.
  • Количество и сложность аберраций указывает на прогноз для многих солидных опухолей.
  • Выявление аберраций в субклонах и оценка эволюции клонов играют решающую роль в принятии решений относительно выбора правильного лечения.

Полногеномное определение количества копий и участков с потерей гетерозиготности (LOH), исследование опухолевых клеток с высокой разрешающей способностью, плюс соматические мутации, и все это в одном анализе с помощью микроматрицы FFPE OncoScan™.

  • Разрешающая способность в 50–100 тысяч нуклеотидов по ~900 онкогенам.
  • Определение полногеномного числа копий с разрешением в 300 тысяч нуклеотидов для всех других генов.
  • Полногеномное определение участков с потерей гетерозиготности (LOH) при нормальной копийности генов.
  • Высокий динамический диапазон, составляющий более 10 копий.
  • Подтвержденное соответствие по выявленным FISH амплификациям ключевых опухолевых генов, в том числе ERBB 2 (Her 2), EGFR, MDM 2, MYC, FGFR 1 и др.
  • Соматические мутации, определяющие эффективность таргетной терапии.

Получение полногеномного анализа числа копий и профилей потери гетерозиготности (LOH) на основе проб солидной опухоли представляет собой значительную сложность в силу того, что приходится работать с ограниченным количеством ДНК из значительно нарушенных проб FFPE.

Простой метод, основанный на полногеномном сканировании, позволяет избежать традиционно однолокусного, основанного на низком разрешении и страдающего от «узких мест в системе» анализа по методам FISH и PCR.


Несмотря на то, что технологии секвенирования следующего поколения подтвердили возможность применения при выявлении мутаций, поблемы с таргетным обогащением материала и многократным покрытием одного участка при секвенировании, сложностью получения статистически достоверных данных о числе копий генов по гетерогенным FFPE-образцам, делают такой анализ трудной задачей.

Технология FFPE OncoScan™, дает возможность провести полногеномное исследование числа копий с выявлением участков с потерей гетерозиготности LOH, при улучшенном разрешении по ~900 генов опухолевым генам и определить статус часто исследуемых соматических мутаций, и все это на материале одной и той же пробы. Данные возможно получить на основе всего 80 нг ДНК из FFPE-пробы.

Рисунок 1.Молекулярные подмножества меланомы.

Сравнительная характеристика обычного цитогенетического метода, FISH и хромосомного микроматричного анализа.

Обычная цитогенетика Флуоресцентнаягибридизация (FISH) Хромосомный микроматричный анализ
РЕКОМЕНДАЦИИ ПО ПРИМЕНЕНИЮ
Диагностика, прогнозирование и мониторинг миелодиспластического синдрома В сочетании с обычной цитогенетикой, повышает точность диагностики. FISH является более чувствительным, чем обычный цитогенетический анализ при обнаружении клональных аномалий. Тест выбора для больных миелодиспластическим синдромом с нормальным кариотипом Позволяет обнаруживать очень мелкие изменения, которые могут определять прогноз и тактику лечение пациентов с миелодиспластическим синдромом, которые имеют нормальный кариотип..
ОГРАНИЧЕНИЯ
Не может быть использован для мониторинга миелодиспластического синдрома у пациентов с нормальным кариотипом. Более чем у половины больных МДС имеют нормальный кариотип. Не может быть использован для мониторинга миелодиспластического синдрома , пока не выявлена точная аномалия. Метод позволяет обнаружить только хромосомный дисбаланс (делеции и дупликации), несбалансированные транслокации и потерю гетерозиготности. Не обнаруживаются сбалансированные перестройки и такие перестройки как инверсии и сбалансированное вставки. Не может быть использован для минимальной остаточной болезни, потому что тест не определяет низкий уровень мозаицизма (<10%).
КОММЕНТАРИИ
Не удается обнаружитьпотерю гетерозиготности (LOH) не связанную с делециями. Успех зависит от скорости роста опухолевых клеток в культуре. Часто невозможноопределить конкретную структуру нарушений в связи с несколькими сложными перестройками хромосом. Не удается обнаружить потерю гетерозиготности (LOH) не связанную с делециями. Можно оценивать только несколько локусов, с использованием конкретных зондов. Изменения присутствующие в другом локусе или на другой хромосоме не будут идентифицированы. Использование с другими методамипозволяет получить полную генетическую характеристику миелодиспластического синдрома Более чувствительный по сравнению с исследованием кариотипа и позволяет обнаруживать изменения, которые не обнаруживаются кариотипированием и FISH анализом. (например, генетические аномалии, в отношении которых был показан плохой прогноз при миелоидных злокачественных новообразованиях) Позволяет обнаружить МДС-связанные несбалансированные аномалии и потерю гетерозиготности(LOH) у больных миелодиспластическим синдромом с нормальным кариотипом (например, такие однородительские дисомии как UPD7q, UPD11q и UPD17p)

Новые презентации с семинаров и конференций по молекулярной онкологии

Stéphane Minvielle, PhD

Sarah South, PhD, FACMG
Joshua Schiffman, MD
Zhiwei Che, Ph.D.
  • Более 900 онкогенов.
  • 80 соматических мутаций.
  • Анализ числа копий генов.
  • Анализ участков с потерей гетерозиготности.
  • Результат в течение 48 часов.
Остались вопросы? звоните нам по телефону федеральной горячей линии 8-800-333-45-38 или обращайтесь к нашим партнерам.
Ваше имя*  
Сообщение  
Ваш телефон  
Ваш e-mail  
 
Адрес:
г.Москва, Подольское шоссе,
дом 8, корпус 5 (метро Тульская)
График работы:
Пн.-Пт.: с 8.00 до 19.00
Сб.: с 8.00 до 17.00
Вс.: с 8.00 до 15.00
Лицензия № ЛО-77-01-010099 от 21 апреля 2015 г Квитанция на оплату, вышестоящие огранизации Правила предоставления платных мед. услуг.
8 (495) 660-83-77 Обратный звонок
Дизайн и разработка сайта
"Сайт-консалтинг"


Яндекс.Метрика
© 2015 - Геномед - медико-генетический центр